Ardeiul gras poate fi afectat de boli fungice, virale și dăunători, care reduc producția și calitatea fructelor.
- Mana ardeiului (Phytophthora capsici) – provoacă pete maronii și putrezirea fructelor. Se combate prin rotirea culturilor și utilizarea fungicidelor.
- Putregaiul cenușiu (Botrytis cinerea) – apare în condiții de umiditate ridicată. Se previne prin ventilare bună și evitarea udării excesive.
- Afidele și păianjenul roșu – sug seva plantelor și le slăbesc. Se combat prin spălare cu jet de apă sau utilizarea insecticidelor bio.
- Tripsii – provoacă deformarea frunzelor și transmit viroze. Se folosesc capcane adezive și tratamente cu ulei horticol.